公司堅持“在保護中開發、在開發中保護”的方針，在礦產資源開發和生態環境保護中以最少的礦產資源消耗支撐經濟社會持續發展。截至2017年，云天化已有五個礦山被評為國家級綠色礦山。旗下磷化集團自1984年起進行礦山復墾植被，累計面積超過了4.7萬畝，被評為“全國土地復墾先進單位”、“全國環境保護先進單位”。

公司推行“綠色全量資源化”的磷產業開發模式，攻克了中低品味膠磷礦浮選產業化的世界性難題，其磷礦資源利用率大于97%，使云天化磷礦更清潔，植物吸收利用率高。

綠色制造是綜合了環境影響、產品質量、資源消耗、生產效率、勞動條件等因素的現代制造模式。公司建立起高效、清潔、低碳、循環的綠色制造體系，旨在成為制造業綠色轉型升級的示范標桿，塑造參與國際競爭的核心能力。

2016年，公司獲國際肥料工業協會(IFA)頒發的“安全環?？沙掷m發展”證書。

2017年，所屬七家分子公司成為國內首批通過IFA環境保護與可持續產品管理認證（PS認證）的企業。

2017年，旗下天安化工、三環中化獲“石油和化工行業綠色工廠”稱號。其中，三環中化由工信部認定為“2017年度國家首批綠色制造示范企業”，體現出云天化在環境、能耗、質量、安全等方面的綜合優勢。

2018年，旗下水富云天化、磷化集團晉寧選礦、安寧礦業、磷酸鹽廠、紅磷化工、云峰分公司獲“石油和化工行業綠色工廠”稱號，公司綠色制造體系再添新彩。

肥料質量安全是農業收益和食品安全的重要影響因素，作為全球最優秀的磷肥、氮肥制造商，云天化在2016年就啟動了綠色肥料的研發和應用工作，是《綠色產品評價肥料》（磷銨、氮肥部分）國家標準起草單位。

公司建有原料及產品物質識別分析系統，針對凈化技術、生產控制方案和檢測機制不斷升級，并加大了中性肥、有機質、生物菌等新型產品的研發和應用，對土壤進行修復和保護，助力農業可持續發展。

公司實施產品全生命周期綠色管理，遵循“能源資源消耗最低化、生態環境影響最小化”原則，研發并生產出安全、節能、環保、低耗、高效的產品，并已有16個系列產品獲“石油和化工行業綠色產品”稱號、11個產品通過國家工信部綠色設計產品評價。